Para configurar a central de software do ubuntu para utilizar conexão via proxy para baixar os repositórios tente executar os seguintes comandos no terminal:
$ gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'manual' $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http enabled true $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http host 'http://enderecodeproxy.com' $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http port 8080 $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http use-authentication true $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http authentication-user 'usuario' $ gsettings set org.gnome.system.proxy.http authentication-password 'senha' |
Reinicie o software-center e tente novamente, se der erro mais uma vez clique em Repair para restabelecer a conexão.